Есть нужно полностью перезагрузить сервер, то это можно сделать командой: reboot
Но чаще всего достаточно перезагрузить лишь какой то сервис.
Как перезагрузить сервер ngnix:
service ngnix restart
Как перезагрузить сервер apache
service apache2 restart
Как перезагрузить базу данных mysql
service mysql restart
По такому принципу можно перезагрузить любой другой сервис.